gmx trjconv -f traj.trr -s nvt.tpr -o nvt.xtc -pbc mol

gmx make_ndx -f confout.gro -o index.ndx

gmx energy -f ie.edr -o ie.xvg

gmx_mpi editconf -f 2_modified.gro -o output.gro -c -d 1.0

gmx_mpi trjconv -s nvt.tpr -f nvt.xtc -o frame_at_5000ps.pdb -dump 1800

gmx rdf -f nvt.xtc -s nvt.tpr -ref 'res_com of resname LEV8' -sel 'res_com of resname L4GV' -bin 0.01